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Consultar: Programa de Ps-Graduao em Gentica e Melhoramento

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Ttulo [PT]: Anlise de desquilbrio de ligao e diversidade gentica em soja utilizando marcadores moleculares
Ttulo [EN]: Linkage disequilibrium analysis and genetic diversity in soybean using molecular markers.
Autor(es): Marcelo Berwanger de Oliveira
Palavras-chave [PT]:

Soja. Diversidade Gentica. Produtividade. Melhoramento gentico. Cultivo. Mapeamento por associao. Marcadores SNPs. Genotipagem de alto rendimento. Brasil.
Palavras-chave [EN]:
Association mapping. SNPs markers. High-throughput genotyping. Brazil.
rea de concentrao: Gentica e Melhoramento
Titulao: Doutor em Gentica e Melhoramento
Banca:
Ivan Schuster [Orientador] - COODETEC e UNIPAR
Carlos Alberto Scapim - UEM
Tatiane Dalla Nora Montecelli - COODETEC
Tatiane Cristina Albuquerque Alves - COODETEC
Adilson Ricken Schuelter - UNIOESTE
Resumo:
Resumo: O sucesso do melhoramento gentico de plantas depende principalmente da escolha de progenitores divergentes e da seleo de gentipos com caractersticas de interesse agronmico ao longo das geraes. A seleo assistida por marcadores (SAM) uma tcnica biotecnolgica que visa a auxiliar o melhorista na seleo de gentipos com base no DNA das plantas. A eficincia da SAM diretamente influenciada pela preciso do mapeamento gentico. Entre as metodologias de mapeamento, o mapeamento por associao tem se destacado pela sua elevada preciso. Esta metodologia baseada no desequilbrio de ligao entre o marcador e o gene que controla a caracterstica. O estudo dos blocos de desequilbrio de ligao em uma espcie pode fornecer informaes importantes para a realizao do mapeamento por associao. Este trabalho teve como objetivo analisar a diversidade gentica e o desequilbrio de ligao em 153 cultivares de soja brasileiras, utilizando 4938 marcadores SNPs e 20 marcadores microssatlites. A porcentagem de heterozigosidade das cultivares atingiu uma mdia de 8%, variando de 3 a 41%. As distncias genticas variaram de 0,0052 a 0,4216, com mdia de 0,32, indicando a baixa diversidade gentica presente no germoplasma brasileiro. A anlise de agrupamento pelo mtodo UPGMA formou 14 grupos, sendo que cultivares adaptadas para a mesma regio de cultivo pertenciam ao mesmo grupo. Alm disso, foi observado em algumas cultivares de diferentes programas de melhoramento mais de 95% de similaridade. Na anlise de desequilbrio de ligao, foram obtidos 567 blocos em desequilbrio e a mdia de blocos por cromossomo foi de 28,35, variando de 20 a 41. A quantidade de SNPs por bloco variou de 2 a 15 obtendo-se uma mdia de 2,69. Aproximadamente, 65% dos blocos identificados continham apenas dois marcadores e menos de 2% continham sete ou mais marcadores. A mdia do tamanho dos blocos foi de 410,68 kb, variando de 1,173 kb a 13.692,9 kb. Mais de 70% dos blocos em desequilbrio tiveram menos de 200 kb. Cerca de 20% do genoma das cultivares avaliadas apresentaram blocos em desequilbrio de ligao. Este trabalho demonstra a grande similaridade gentica em cultivares de soja brasileira e a necessidade da introduo de cultivares oriundas de outros germoplasmas para manuteno da diversidade do germoplasma brasileiro. A anlise do desequilbrio de ligao em soja tropical pode fornecer informaes importantes para o mapeamento por associao de caractersticas de interesse agronmicas, aumentando a eficincia e a utilizao da SAM pelos programas brasileiros de melhoramento.

Abstract: The success of plant breeding depends mainly on the choice of parents genetically divergent and selection of genotypes with desirable agronomic characteristics over generations. The marker-assisted selection (MAS) is a biotechnology technique that aims to help the breeder in the selection of genotypes based on plant DNA. The efficiency of MAS is directly influenced by the accuracy of genetic mapping. Among the methodologies for mapping, association map stands out for its high accuracy. This methodology is based on the linkage disequilibrium between the marker and the gene that controls the trait. The study of blocks of linkage disequilibrium in culture can provide important information to perform an association mapping. This study aimed to analyze the genetic diversity and linkage disequilibrium in 153 Brazilian soybean cultivars using a set of 4938 SNP markers and 20 microsatellite markers. The percentage of heterozygosity of the cultivars had an average of 8 %, ranging from 3 to 41 %. Genetic distances ranged from 0.0052 to 0.4216, with a mean of 0.32, indicating low genetic diversity present in the Brazilian germplasm. Cluster analysis by UPGMA formed 14 groups, which cultivars adapted to the same growing region were in the same group. It was also observed that some cultivars from different breeding programs had more than 95 % of similarity. . In the analysis of linkage disequilibrium were observed 567 blocks of disequilibrium, where the average blocks per chromosome was 28.35, ranging from 20 to 41. The number of SNPs per block ranged from 2 to 15, with an average of 2.69. Approximately 65% of identified blocks contained only two markers and less than 2 % containing seven or more markers. The average size of the blocks was 410.68 kb, ranging from1.173 kb to 13692.9 kb. Over 70 % of the disequilibrium bocks had less than 200 kb. About of 20 % of the cultivars genome had blocks in linkage disequilibrium. This work demonstrates the great genetic similarity in Brazilian soybean cultivars and the need for the introduction of cultivars from other germplasm for maintaining the diversity of Brazilian germplasm. The analysis of linkage disequilibrium in tropical soybean may provide important information for association mapping of important agronomic traits, increasing the efficiency and utilization of MAS by the Brazilian breeding programs.
Data da defesa: 28/03/2014
Cdigo: vtls000223408
Informaes adicionais:
Idioma: Portugus
Data de Publicao: 2014
Local de Publicao: Maring, PR
Orientador: Prof. Dr. Ivan Shuster
Instituio: Universidade Estadual de Maring . Programa de Ps-Graduao em Gentica e Melhoramento
Nvel: Tese (doutorado Gentica e Melhoramento)/
UEM:

Responsavel: beth
Categoria: Aplicao
Formato: Documento PDF
Arquivo: d-mboliveira.pdf
Tamanho: 692 Kb (708481 bytes)
Criado: 08-09-2016 13:43
Atualizado: 08-09-2016 14:09
Visitas: 399
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